Auch nach Entfernung des Tumors kommt der Pathologie eine verantwortungsvolle Aufgabe zu. Das Operationspräparat wird in einem aufwändigen Verfahren untersucht. Hierzu wird der Tumor in zahlreiche dünne Scheiben geschnitten und es werden sämtliche entnommenen Lymphknoten präpariert und auf einen Tumorbefall hin gesondert untersucht. Der Pathologe nimmt dann eine Tumorklassifikation („Stadieneinteilung“) gemäß internationalen Standards (UICC) vor. Diese beinhaltet die Beurteilung des Tiefenwachstums des Tumors (T), die Anzahl der befallenen Lymphknoten (N), das so genannte Grading (G), mit dem der Grad der Aggessivität erfasst wird, das Einwachsen in Lymphbahnen (L) und kleine Blutgefäße (V) und Nervenscheiden (Pn)des Weiteren Angaben zum Schnittrand (R) und damit der Vollständigkeit der Entfernung des Tumors. . Ferner kann es sein, dass der Pathologe Metastasen identifiziert (M).

Diese im sogenannten TNM-System zusammen gefassten Informationen geben Hinweise auf die Aggressivität und Rückfallwahrscheinlichkeit des Krebses. Hieraus kann in der interdisziplinären Tumorkonferenz abgeleitet werden, ob weitere, über die OP hinausgehende Maßnahmen zu empfehlen sind, wie eine zusätzliche Chemo- oder Strahlentherapie.

Die sorgfältige Aufarbeitung von Operationspräparaten kann einige Tage in Anspruch nehmen, denn hierzu werden häufig Spezialfärbemethoden des Gewebes angewandt.  Gelegentlich muss aber der Operateur sofort Entscheidungen treffen können. Dann nimmt der Pathologe im Operationssaal auch eine so genannte Schnellschnittuntersuchung des schockgefrorenen Präparates vor, wenn sich daraus eine Änderung des Operationsablaufes ergibt.

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