Die Frühsymptome einer GIST Erkrankung sind meist eher unspezifische Symptome wie Abgeschlagenheit, Müdigkeit und ungewollter Gewichtsverlust. Nicht selten wird ein GIST auch im Rahmen einer Routineuntersuchung bei einem ansonsten beschwerdefreien Patient diagnostiziert. Ist der Tumor weiter fortgeschritten, sind Schmerzen im Oberbauch (Magen und Zwölffingerdarm) die häufigsten Beschwerden.  Sie treten bei über 70% der Betroffenen auf. Bei etwa 50% der Betroffenen treten Blutungen aus der Speiseröhre und aus dem Magen auf. Ist der GIST in der Speiseröhre entstehen häufig Schluckbeschwerden. Spezielle Tumormarker, also Proteine die vom GIST gebildet und im Blut messbar sind, gib es nicht. Wird durch die wachsende Tumorgröße die Darmpassage verlegt, kommt es zu einem Darmverschluss, der eine Notfalloperation nach sich zieht, in deren Folge dann der GIST festgestellt wird. Gelegentlich kommt es auch zu leichten inneren Blutungen, die dann durch Blutanreicherungen im Stuhl (dunkle Verfärbung des Stuhles) erkannt werden.


Etwa ein Drittel der GIST werden zufällig bei Untersuchungen aus anderen Gründen entdeckt, ein Drittel wird wegen geringfügiger Beschwerden im Rahmen einer Computertomographie festgestellt und das letzte Drittel durch schwerwiegendere Probleme, wie z. B. Darmverschluss oder äußerlich auffallendes Wachstums des Tumors.